吲哚的衍生物在自然界分布很廣，許多天然化合物的結構中都含有吲哚環，有些吲哚的衍生物與生命活動密切相關，所以吲哚也是一個很重要的雜環化合物。

（1）5-羥色胺。5-羥色胺（serotonin）是一種重要的神經介質，在人體中主要由色氨酸代謝生成。當人大腦中5-羥色胺的量突然改變時，就會出現神經失常癥狀，所以5-羥色胺是維持人體精神和思維正常活動不可缺少的物質。

（2）靛玉紅。靛玉紅（indirubin）是十字花科植物菘藍（中藥板藍根、大青葉、青黛等的原植物）中存在的一種成分，具有明顯的抗癌活性，臨床上 引起吲哚代謝異常的原因　吲哚作為有濃烈氣味的化學物質，其揮發性強，持久性強。人體的糞便，尿液汗液都或多或少的帶有該物質。但體內高濃度的吲哚則是因為疾病造成的。